Les premiers habitants de la région étaient les peuples indigènes Brésiliens : les premières colonies européennes n’apparaissent qu’au début du 18ème siècle dans cette région du Brésil, bien que la Royauté Portuguaise ait déjà connaissance de la présence d’or dans la zone Nord de la Chapada Diamantina. En 1720, le gouvernement “légalise” les mines d’or et ce pendant 200 ans. En 1732, les Portuguais savent que la région est riche en diamants, mais par peur d’attirer la convoitise de l’ennemi espagnol, en interdisent la recherche.

En 1844, une veine rocheuse extrêmement riche en diamants est découvertes près de la ville de Mucugê : la fièvre du diamant attire alors sont lot d’aventuriers, de cowboys et de criminels, dans  les plus grandes villes diamantaires de la région (Lençóis, Mucugê et Andaraí). Un consulat français sera même construit à Lençóis.  Mais l’appel du diamant perd déjà son attrait dès la fin du 19ème siècle, transformant rapidement toutes ces nouvelles villes en ruines. Au début des années 1980, une nouvelle vague d’opérateurs miniers envahit la région, avec des moyens nouveaux, plus industriels et destructeurs, utilisant de grosse pompes à diesels pour draguer les rivières au pied des collines. Heureusement, les représentants de différentes institutions environnementales du gouvernement fédéral et de l’état de Bahia font fermer ses mines en 1996.

Le Parc National a été fondé en 1985 grâce à l’aide de Roy Funch, un biologiste Américain, arrivé dans la zone en 1978 et qui y vit toujours. A cette époque, la ville de Lençóis était un village endormi, quasi en ruine, et la dernière grande mine (300 travailleurs) avait été fermée. La majorité des jeunes de la ville avaient émigré vers les grandes villes, comme Rio de Janeiro, Salvador ou São Paulo. Aujourd’hui, seul un petit nombre de mineurs indépendants continuent de tenter leur chance, en prospectant à l’ancienne dans la Chapada.

En 1990, Lençóis commence à gagner en popularité auprès des touristes brésiliens et internationaux, émerveillés par la beauté naturelle de la région. De nombreux étrangers sont d’ailleurs restés et font désormais partie de la petite communauté de Lençóis, et le village de Vale do Capão est devenu un pole d’attractions pour les hippies et autres amateurs d’un mode de vie alternatif. Aujourd’hui, la ville de Lençois possède une bonne infrastructure, avec des hôtels de luxe et des pousadas confortables mais plus accessibles, ainsi que des douzaines de restaurants et commerces en tous genre.